Muhammadiyah Sinjai sejak tahun 1967 dibawah kepemimpinan bapak Muhammad Syurkati Said mulai memasuki bidang Amal Usaha di Lapangan  Perguruan Tinggi dengan membuka FIP (Fakultas Ilmu Pendidikan) cabang dari Unismuh Makassar dan berhasil mendidik sampai Sarjana Muda dengan Gelar BA kepada beberapa praktisi pendidikan di Kabupaten Sinjai pada saat itu. Namun mereka hanya melaksanakan perkuliahan di gedung tua milik Muhammadiyah sendiri yang dibangun pada tahun 1935. Sampai hari ini, bangunan tersebut dapat difungsikan. Sarjana–sarjana tersebut sebagian besar melanjutkan pendidikan sampai menyandang sarjana lengkap (Drs) sehingga dapat berkelayakan sebagaimana istilah sekarang.

Disebabkan peraturan dan perundang-undangan yang berlaku saat itu, mewajibkan mahasiswa harus mengikuti ujian di Makassar dan tidak dibenarkan lagi ada Perguruan Tinggi yang berstatus cabang/kelas jauh maka FIB Unismuh Makassar cabang Sinjai, sehingga harus dilebur ke induknya, yaitu IAIN Alauddin (sekarang UIN Alauddin Makassar). Dampak lain regulasi tersebut, menyebabkan guru dan alumni SLTA yang berminat melanjutkan pendidikan atau ingin menambah ilmunya mengalami kesulitan. Realitas itu, akhirnya berimplikasi pada beberapa tahun kemudian Pengurus Muhammadiyah Sinjai demikian pula pengurus Muhammadiyah Bulukumba, masing-masing membuka/mendirikan STIKP (Sekolah Tinggi Ilmu Keguruan dan Pendidikan) Muhammadiyah, sehingga para pendidik (guru) yang berminat untuk melanjutkan tingkat pendidikannya memilih antara STIKP Muhammadiyah Sinjai atau STIKP. Muhammadiyah Bulukumba.

Muhammadiyah Sinjai memahami kondisi itu, maka pengurus berusaha kembali untuk membuka perkuliahan dan yang berhasil dibuka adalah Fakultas Tarbiyah UNISMUH Makassar cabang Sinjai pada tahun 1974, dua tahun kemudian pada tahun 1976 baru memperoleh Izin Operasional status terdaftar dari Menteri Agama RI dengan Surat Keputusan Nomor: Kep/D.5110/1976 tanggal 15 April 1976, jurusan pendidikan Agama Islam Program Sarjana Muda.

Pada tahun 1986, Rektor UNISMUH Makassar memberikan kesempatan untuk berdiri sendiri. Kesempatan itu dipergunakan dengan baik oleh Pimpinan Muhammadiyah Sinjai dengan merubah nama dari Fakultas Tarbiyah UNISMUH Makassar cabang Sinjai menjadi SEKOLAH TINGGI ILMU TARBIYAH (STIT) Muhammadiyah Sinjai, jurusan Pendidikan Agama Islam program Sarjana Strata Satu (S1) dan telah berdiri sendiri (bukan lagi cabang dari UNISMUH Makassar) memperoleh Izin  Operasional Menteri Agama RI. Status terdaftar dengan surat Keputusan Nomor: 61/1990 tanggal 25 April 1990.

Pada tahun 1995, karena tuntutan dan peraturan pemerintah dalam hal ini Departemen Agama RI (sekarang KEMENAG RI), bahwa semua perguruan tinggi di bawah naungan Departemen Agama RI harus menyesuaikan diri dengan peraturan itu. sehingga SEKOLAH TINGGI ILMU TARBIYAH (STIT) Muhammadiyah Sinjai berubah nama menjadi SEKOLAH TINGGI AGAMA ISLAM ” (STAI) Muhammadiyah Sinjai dengan menambah jurusan lagi, sehingga STAI Muhammadiyah Sinjai pada saat itu memiliki  2 (dua) Program Studi strata satu (S1) yaitu:

1.  Pendidikan Agama Islam (PAI)

2.  Bimbingan Penyuluhan Islam (BPI)

Sesuai dengan surat Keputusan Menteri Agama RI Nomor 226/1995 tanggal 16 juni 1995 tentang perubahan nama dan izin Operasional pembukaan jurusan serta pemberian status terdaftar kedua jurusan yang memiliki tesebut. seiring dengan perkembangan tersebut, maka pada tahun 2015, 2016 dan 2017 berhasil menambah program studi baru yaitu :

Tahun 2015:

3. Ekonomi Syariah (Ekos)

4. Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah (PGMI)

5. Pendidikan Bahasa Arab (PBA)

6. Ilmu Al-qur'an dan Tafsir (IAT)

Tahun 2016:

7. Hukum Pidana  Islam (HPI)

8. Komunikasi Penyiaran Islam Islam (KPI)

Tahun 2017

9. Tadris Bahasa Inggris (TBI)

10. Perbankan Syariah (PS)

11. Tadris Matematika (TM)

12. Pascasarjana S.2 Pendidikan Agama Islam

Sehingga prodi tersebut saat ini berjumlah 12 program studi yang terbagi kedalam 3 Fakultas yaitu Fakultas Tarbiyah dan Ilmu Keguruan, Fakultas Ushuluddin dan Komunikasi Islam dan Fakultas Ekonomi dan Hukum Islam. Pengembangan ini pula mengantarkan STAIM Sinjai ini meningkatkan statusnya di bawah Pimpinan Bapak Dr. Firdaus, M.Ag menjadi Institut Agama Islam Muhammadiyah Sinjai dengan SK Dirjen Kemenag RI nomor 6722 tahun 2015 tertanggal 24 November 2015.